L'ufficio Obiezione di Coscienza e Pace dell'Ass. Comunità Papa Giovanni XXIII inserito all'interno dell'Ambito Missione e Pace, collabora con enti istituzionali ed organizzazioni della società civile sia in Italia che all'estero.
Nella gestione del Servizio Civile Universale, l'Ass. Comunità Papa Giovanni XXIII interagisce con il Dipartimento per le Politiche Giovanili e il Servizio Civile Universale - Presidenza del Consiglio dei Ministri. 
Partecipa alla CNESC (Consulta Nazionale degli enti di Servizio Civile). E' parte attiva, fin dalla sua fondazione, della Rete Caschi Bianchi, insieme alla Focsiv, Gavci e Caritas italiana.